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* Fix perl shebang to be portable
* Make build system honour LDFLAGS
--- a/makefile
+++ b/makefile
@@ -25,9 +25,8 @@
# Makefile for swat, phrap, cross_match, phrapview; also swprobs (currently inactivated)
#CC= icc
#CFLAGS= -O2 -wd266,880
-CC= cc
-CFLAGS= -O2
-LFLAGS= -lm
+CC ?= cc
+LIBS = -lm
SWATOBJS= swat.o weibull.o
@@ -96,46 +95,46 @@
chmod a+x phrapview
swat: makefile $(SWATOBJS) $(SWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(SWATOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(SWATOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r swat
alpha_swat: makefile $(ALPHOBJS) $(SWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(ALPHOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(ALPHOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r alpha_swat
swat_counts: makefile $(COUNOBJS) $(SWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(COUNOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(COUNOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r swat_counts
swprobs: makefile $(PROBOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(PROBOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(PROBOBJS) $(LIBS)
phrap: makefile phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ phrap.o call_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r phrap
gcphrap: makefile gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ gcphrap.o gccall_subs.o $(PHOBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r gcphrap
cross_match: makefile cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ cross_match.o call_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r cross_match
gccross_match: makefile gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ gccross_match.o gccall_subs.o $(CROBJS) $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(JKBSWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r gccross_match
cluster: makefile $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(CLOBJS) call_subs.o $(SCANOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r cluster
loco: makefile $(LOCOOBJS) $(SWOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(LOCOOBJS) $(SWOBJS) $(LIBS)
chmod o-r loco
erf_test: $(ERFOBJS)
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(ERFOBJS) $(LFLAGS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o $@ $(ERFOBJS) $(LIBS)
loco.o: swat.h
@@ -228,7 +227,7 @@
anomalies.o: swat.h
fast_smith_wat.s: fast_smith_wat.c
- cc -S -machine_code -source_listing -O3 fast_smith_wat.c
+ $(CC) $(CFLAGS) -S -machine_code -source_listing fast_smith_wat.c
#N.B. fast_smith_wat.s MUST BE EDITTED BEFORE USE!!!
tig_node.o: swat.h
--- a/phrapview
+++ b/phrapview
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/local/bin/perl -w
+#!/usr/bin/env perl
#/*****************************************************************************
@@ -25,6 +25,7 @@
#
#*****************************************************************************/
+use warnings;
use strict;
use Tk;
#phrapview version 0.960731
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