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diff --git a/sci-chemistry/ccp4-apps/files/6.1.3-unbundle.patch b/sci-chemistry/ccp4-apps/files/6.1.3-unbundle.patch deleted file mode 100644 index 107cfd740238..000000000000 --- a/sci-chemistry/ccp4-apps/files/6.1.3-unbundle.patch +++ /dev/null @@ -1,131 +0,0 @@ - src/Makefile.in | 14 +++++----- - src/pisa/configure.ac | 67 +++++++++---------------------------------------- - 2 files changed, 19 insertions(+), 62 deletions(-) - -diff --git a/src/Makefile.in b/src/Makefile.in -index 70781f3..b11db04 100755 ---- a/src/Makefile.in -+++ b/src/Makefile.in -@@ -778,8 +778,8 @@ chainsaw : $(chainsawobjs) - eval $(CXX) $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o chainsaw $(chainsawobjs) $(LDCXXFLAGS) - pdbcur.o pcur_funcs.o ncont.o coord_format.o pdb_merge.o chainsaw.o: # dependencies at end - @$(SETFLAGS) xxx=1 ; \ -- echo $(CXX) -I$(mmdb_appdir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(mmdb_appdir)/`basename $@ .o`.cpp ; -- eval $(CXX) -I$(mmdb_appdir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(mmdb_appdir)/`basename $@ .o`.cpp -+ echo $(CXX) -I$(mmdb_appdir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(mmdb_appdir)/`basename $@ .o`.cpp ; -+ eval $(CXX) -I$(mmdb_appdir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(mmdb_appdir)/`basename $@ .o`.cpp - - ### bp3, afro, gcx - -@@ -813,8 +813,8 @@ gcx : libbp3 $(gcxobjs) - - $(libbp3objs) $(bp3objs) $(afroobjs) $(gcxobjs) : # dependencies at end - @$(SETFLAGS) xxx=1 ; \ -- echo $(CXX) -I$(bp3dir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${bp3_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(bp3dir)/`basename $@ .o`.C ; \ -- eval $(CXX) -I$(bp3dir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${bp3_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(bp3dir)/`basename $@ .o`.C -+ echo $(CXX) -I$(bp3dir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${bp3_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(bp3dir)/`basename $@ .o`.C ; \ -+ eval $(CXX) -I$(bp3dir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${bp3_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(bp3dir)/`basename $@ .o`.C - - ### crunch2 pmf - -@@ -853,7 +853,7 @@ cif2xml : $(cif2xmlobjs) - cross_validate : $(cross_validateobjs) - @$(SETFLAGS); rm -f cross_validate; eval $(CXX) $${harvest_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o cross_validate $(cross_validateobjs) $(LDCXXFLAGS) - cif2xml.o cross_validate.o : # dependencies at end -- @$(SETFLAGS); eval $(CXX) -I$(harvest_appdir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${harvest_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(harvest_appdir)/`basename $@ .o`.cpp -+ @$(SETFLAGS); eval $(CXX) -I$(harvest_appdir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${harvest_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(harvest_appdir)/`basename $@ .o`.cpp - - pdb_extractdir = $(srcdir)/harvest_app_/pdb_extract - pdb_extract_suite : -@@ -873,8 +873,8 @@ $(dev_tools_ctargets) : - $(dev_tools_cxxtargets) : - @$(SETFLAGS) xxx=1; \ - rm -f $@; \ -- echo $(CXX) $${dev_tools_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o $@ $(dev_toolsdir)/$@.cpp -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $(LDCXXFLAGS) ;\ -- eval $(CXX) $${dev_tools_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o $@ $(dev_toolsdir)/$@.cpp -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $(LDCXXFLAGS) -+ echo $(CXX) $${dev_tools_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o $@ $(dev_toolsdir)/$@.cpp -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $(LDCXXFLAGS) ;\ -+ eval $(CXX) $${dev_tools_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o $@ $(dev_toolsdir)/$@.cpp -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $(LDCXXFLAGS) - - ### mlphare - mlphare: -diff --git a/src/pisa/configure.ac b/src/pisa/configure.ac -index 81afdda..044b6f8 100755 ---- a/src/pisa/configure.ac -+++ b/src/pisa/configure.ac -@@ -31,64 +31,21 @@ AC_CHECK_FUNCS([floor pow rint sqrt]) - # test for function in m - AC_CHECK_LIB([m], [sqrt]) - --dnl Optional: Check for MMDB. --AM_PATH_MMDB(, -- [ if test "x$mmdb_prefix" != x ; then -- if test "x$ac_MMDB_CXXFLAGS" != x && test "x$ac_MMDB_LDOPTS" = x ; then -- case "$ac_MMDB_CXXFLAGS" in -- *src/mmdb ) -- ac_MMDB_LDOPTS=`echo "$ac_MMDB_CXXFLAGS" | sed s#src/mmdb#src#g` -- ;; -- *include/mmdb ) -- ac_MMDB_LDOPTS=`echo "$ac_MMDB_CXXFLAGS" | sed s#include/mmdb#lib#g` -- ;; -- *) -- esac -- MMDB_CXXFLAGS="$ac_MMDB_CXXFLAGS" -- MMDB_LIBS=`echo "$ac_MMDB_LDOPTS -lmmdb" | sed s#-I#-L#` -- AC_MSG_WARN([assuming library $MMDB_LIBS headers $MMDB_CXXFLAGS]) -- else -- MMDB_CXXFLAGS="-I$mmdb_prefix/src -I$mmdb_prefix/src/mmdb -I$mmdb_prefix/include -I$mmdb_prefix/include/mmdb" -- MMDB_LIBS="-L$mmdb_prefix/src -L$mmdb_prefix/lib -lmmdb" -- AC_MSG_WARN([assuming library $MMDB_LIBS headers $MMDB_CXXFLAGS]) -- fi -- else -- AC_MSG_ERROR([mmdb not found]) -- fi -- ] --) -+PKG_CHECK_MODULES([MMDB],[mmdb]) -+PKG_CHECK_MODULES([SSM],[ssm]) -+ -+MMDB_CXXFLAGS=${MMDB_CFLAGS} -+ -+AC_SUBST([MMDB_CFLAGS]) -+AC_SUBST([MMDB_CXXFLAGS]) -+AC_SUBST([SSM_CFLAGS]) -+ -+AC_SUBST([MMDB_LIBS]) -+AC_SUBST([SSM_LIBS]) - --ac_saved_CXXFLAGS=$CXXFLAGS --ac_saved_LIBS=$LIBS - CXXFLAGS="$CXXFLAGS $MMDB_CXXFLAGS" - LIBS="$MMDB_LIBS $LIBS" --AM_PATH_SSM(, -- [ if test "x$ssm_prefix" != x ; then -- if test "x$ac_SSM_CXXFLAGS" != x && test "x$ac_SSM_LDOPTS" = x ; then -- case "$ac_SSM_CXXFLAGS" in -- *lib/ssm ) -- ac_SSM_LDOPTS=`echo "$ac_SSM_CXXFLAGS" | sed s#lib/ssm#lib#g` -- ;; -- *include/ssm ) -- ac_SSM_LDOPTS=`echo "$ac_SSM_CXXFLAGS" | sed s#include/ssm#lib#g` -- ;; -- *) -- esac -- SSM_CXXFLAGS="$ac_SSM_CXXFLAGS" -- SSM_LIBS=`echo "$ac_SSM_LDOPTS -lssm" | sed s#-I#-L#` -- AC_MSG_WARN([assuming library $SSM_LIBS headers $SSM_CXXFLAGS]) -- else -- SSM_CXXFLAGS="-I$ssm_prefix/include/ssm -I$ssm_prefix/lib/ssm" -- SSM_LIBS="-L$ssm_prefix/lib -L$ssm_prefix/lib/ssm -lssm" -- AC_MSG_WARN([assuming library $SSM_LIBS headers $SSM_CXXFLAGS]) -- fi -- else -- AC_MSG_ERROR([ssm not found]) -- fi -- ] --) --CXXFLAGS=$ac_saved_CXXFLAGS --LIBS=$ac_saved_LIBS -+ - - # Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics. - # |